Scott wordt naar de Keniaanse woestijn ontboden om Keemal, een Libische functionaris die asiel zoekt, veiling aan de Britse Ambassade over te dragen. In plaats daarvan komt Scott echter pal in een ontvoering terecht. Samen met drie andere gijzelaars belandt hij in het door oorlog verscheurde Mogadishu, in de klauwen van een plaatselijke, meedogenloze krijgsheer, Huseyin Waabri. Terwijl het leven van zijn vriend in Afrika aan een zijden draadje hangt, is Stonebridge in Engeland druk in de weer met het opleiden van rekruten voor Section 20. Maar ook dat blijkt een hachelijke onderneming wanneer Jake Hanson, een labiele soldaat wiens broer Craig ooit met Stonebridge diende, door het lint gaat...
Scott is stomverbaasd wanneer hij ontdekt dat Rachel Dalton, ook een gijzelaar van Waabri, eigenlijk een hooggeplaatste geheimagent van het leger is. Samen met Stonebridge en Richmond, die nu ook van de partij zijn, slaagt hij erin om in Mogadishu een vijandelijke aanval van Waabri en zijn sexy bondgenote Asmara af te slaan. Waabri en Asmara willen een nieuw leven opbouwen door in Zuid-Afrika vier nucleaire ontstekingsmechanismes te verkopen aan een geheimzinnige koper. Wanneer het team terugkeert naar Londen, krijgt Section 20 een nieuwe bevelhebber, ter vervanging van Kolonel Grant. Stonebridge verzoent zich, zij het erg kort, met Kerry.
Een geschokte Stonebridge voegt zich in Niger bij Scott om Axmali op te sporen, een radicale moslimgeestelijke die de ontstekingsmechanismes in zijn bezit heeft gekregen. Maar een verdachte luchtaanval van de CIA en de vijandige reacties ter plaatse gooien roet in het eten. Ze pikken het spoor weer op in Niamey, waar de koerier Othmani, met de mechanismes in zijn zog, koers zet naar Algerije. Scott en Stonebridge sluiten een verbond met Markunda, de passionele aanvoerder van een rondzwervende Toearegstam, om Othmani te vatten. Intussen komt Section 20 erachter dat Othmani een bloedverwant is van El Soldat, een kopstuk van Al Qaeda. Maar een hinderlaag in de woestijn brengt hun missie andermaal in gevaar...
Scott en Stonebridge zitten samen met Markunda en de gewonde Othmani vast in een afgelegen Algerijnse boerderij, waar ze zich schrap zetten voor de onvermijdelijke aanval van de manschappen van El Soldat. Het kopstuk van Al Qaeda wil de nucleaire ontstekingsmechanismes bemachtigen en zijn halfbroer in handen krijgen. In de basis van Section 20 legt Sinclair Dalton op de rooster over haar relatie met Othmani. De Majoor belt op zijn op beurt Othmani op om zijn blinde trouw aan een bedrieglijke bandiet in vraag te stellen. Bij het krieken van de dag breekt een bloedig vuurgevecht uit, maar de overwinning - en de triggers - vallen in onverwachte handen.
Terwijl ze de verdwenen ontstekingsmechanismen op het spoor zijn, verkast Section 20 naar Kaapstad. Hier zetten de handlangers van Knox een uitgeweken nucleair expert, Peter Evans, onder druk om mee te werken door zijn dochter en haar zoontje te ontvoeren. Wanneer Evans in hechtenis wordt genomen door Stonebridge en Dalton, probeert Scott de patstelling te doorbreken door een insider van Knox aan zijn kant te krijgen: Curtis Roe, een oude Delta Force kameraad. Een confrontatie in een voetbalstadion ontaardt in een waanzinnige achtervolging door Kaapstad, waarbij Stonebridge wordt afgeleid door een vertrouwd gezicht.
Nu Evans niets anders kan dan voor Knox aan de slag te gaan, ziet Stonebridge zijn kans schoon om een band te smeden met Knox' idealistische dochter Ava en zo de locatie van het gebouw te ontdekken. Scott probeert een huurmoordenaar van de Mossad ervan te overtuigen om haar geweten te volgen en te verdwijnen, terwijl Hanson zijn unieke vaardigheden omzet in een nieuwe baan. Wanneer Scott, Richmond en Baxter een plan rond illegale wapens verijdelen, probeert de politie Section 20 het zwijgen op te leggen.
Wanneer Knox erin slaagt om Walter Lutulu, leider van de "Party for a Democratic Zimbabwe", uit de gevangenis te bevrijden, sporen Scott en Stonebridge de dochter van Lutulu op, Lilian. Als ze de activiste vinden, komen ze automatisch dichter bij hun aartsvijand. In de plaats daarvan valt Dreyer het hoofdkwartier van Section 20 binnen, met dodelijke gevolgen. Intussen krijgt de loyaliteit van Lutulu een ferme knauw als hij de echte motieven van zijn bevrijder ontdekt.
Terwijl Stonebridge probeert om een huurmoordenaar te beschermen tegen een uitzinnige menigte, moet Scott, die nog steeds probeert om Lilian van Knox' ware bedoelingen te overtuigen, een aanval van Hanson afslaan. Wanneer Stonebridge door Matlock gegijzeld wordt, moet Section 20 noodgedwongen een gevangenenruil organiseren. Nadat Knox Lilian ertoe heeft aangezet om het leiderschap van de partij op zich te nemen, geeft ze een persconferentie die Knox ziedend van woede achterlaat. Voor Section 20 liggen de ontstekingsmechanismen nu binnen handbereik...
De jacht op Latif brengt Damien en Mike tot in Tsjetsjenië. Ze voeren een race tegen de klok om een massa chemische wapens te onderscheppen. De jongens moeten samen met Georgische commando's een Russisch tunnelcomplex in.
Latif lijkt eindelijk in handen te vallen van Section 20 en ze moeten zorgen dat hij gaat praten. Scott en Stonebridge proberen intussen te voorkomen dat enkele zelfmoordaanslagen Budapest en Section 20 treffen.
