In de eerste aflevering van Seizoen Drie geeft Bill een verkooppraatje over een Mormoon-vriendelijk casino, met onverwachte hulp van Margene. Ondertussen wordt een straatfeest het slagveld voor Bill om zijn gezin te beschermen tegen buurtroddel en voor Nicki om haar levenswijze te verdedigen als Roman Grant's dochter.
Bill en zijn gezin proberen een groepdate met Ana, met gemengd resultaat. Bill gaat verder met zijn bejag van Jerry Flute, ondanks aanzienlijke kosten, een crisis in het gezin van Don en een schijnbare blunder van Margene. Barb wacht benauwd testresultaten van het ziekenhuis af, terwijl Nicki naar een vruchtbaarheidskliniek gaat hoewel ze de uitslag al weet.
Terwijl Bill overweegt wat te doen met Rhonda, verdwijnt Kathy, een andere potentiële getuige. Frank zit in een lastig parket; een onthulling van Ana toetst Bill's toewijding; Margene krijgt onthutsend persoonlijk nieuws; Barb's zus Cindy is weer in de buurt en geeft problemen; Wanda onthult een geheim over Nicki's verleden; Ben brengt Sarah naar haar senior prom.
Nadat Bill Alby probeert weg te halen bij de Profeet, verschijnt Roman eindelijk voor de rechter. Ondertussen worstelt Nicki met haar toewijding aan haar vader; Sarah overweegt haar mogelijkheden; Adaleen geeft Rhonda overtuigende redenen niet te getuigen tijdens Roman's rechtszaak; Margene krijgt een make-over; en Bill doet Ana en Nancy schrikken met een gedurfd voorstel.
Barb, Nicki en Margene kibbelen over hun woonsituatie; Bill onderhandelt over een lening; Sarah, Ben, Heather en Franky maken een gevaarlijk uitstapje in het hart van Juniper Creek; Roman ontbiedt zijn kinderen naar zijn motel; Nicki overweegt terug te keren naar haar baan bij de officier van justitie, wellicht om de verkeerde redenen.
De Henricksons gaan op een pelgrimstocht van ruim 4000 kilometer naar een Joseph Smith-tempel in Cumorah, NY, waar Bill een tijdscapsule van het gezin wil begraven in de heilige grond. Onderweg test een reeks schokkende onthullingen de limieten van de gezinsband, en het geloof van Bill.
Nicki begeeft zich op glad ijs en ondergaat een huiselijke ‘interventie’ door Bill en Barb, gevolgd door een onwelkom bezoek op kantoor door Margene. In Juniper Creek is Glory boos om toegeëigend te zijn door Lura en gemeden door Alby, en smokkelt een kopie van een potentieel ontvlambaar kerkdocument naar Bill, die niet weet wat hij met de ontdekking aan moet. Ondertussen plant Joey een grote omslag in zijn leven door Kathy als tweede vrouw te nemen, maar Roman en Hollis Greene hebben andere plannen.
Bill spoort de officier van justitie aan Roman te beschuldigen van moord, maar Ray Henry is afgeleid door nieuws over Nicki. Bill stuurt Don op een reis om tribale wrok jegens het casino te onderzoeken, maar leert dat de vertraging van zijn licentie te maken zou kunnen hebben met zijn zwager Ted, en het kerkelijk document dat hij van Alby heeft gekocht. Nadat ze haar identiteit heeft teruggevorderd van Nicki, besluit Margene een bedrijf te beginnen dat armbanden verkoopt. Nicki vlucht in haar verleden; Sarah worstelt met haar toekomst; het is kantje boord voor Bill met de Greenes.
Aangemoedigd door een bezoek van Barb en Margene, keert Nicki terug naar huis, maar ze is teleurgesteld wanneer Bill's bedoelingen duidelijk worden. Barb is ontmaskerd door Cindy en Ted en wordt geconfronteerd met een hartverscheurende excommunicatie van haar oude kerk. Wanda verricht een make-over op Jodean, waar Joey dubbel door ziet. Scott komt langs bij de Henricksons en legt weer contact met Sarah, maar niet met Ben of Bill. Ted zet Bill op het verkeerde been door een deel van het casino-project op te eisen dat hij ondermijnd heeft.
In het slot van Seizoen Drie overtuigt Bill Ray Henry van zijn plan een kidnapslachtoffer te redden, en de Greenes en Roman ten val te brengen, maar de profeet verandert de regels. Nicki's web van geheimen wordt ingewikkelder wanneer ze een verrassende bezoeker krijgt in de compound. Terwijl Bill zich zorgen maakt over Barb's emotionele staat en een oplossing zoekt voor de casino impasse, biedt hij een donatie-afspraak waar Ted sprakeloos van wordt. Alby smeedt een dodelijk plan om zijn macht te versterken; Margene maakt het beste van haar kans in tv-reclame; en Sarah schokt de familie met een verrassende aankondiging.
